快速準確的(de)診斷(duan)新冠肺炎,并研究病毒基因組的(de)演化,以便確定病毒的(de)來源及傳播。
基因組檢測需要做到快速準確,對海量測序數據做到快速分析需要強大的計算和存儲系統。依托阿里云強大的云平臺,支持線上和本地化大數據套件部署。
基因組數據分析方面,主要提供并行、分布式的大數據分析系統。功能包括序列質控、序列比對、序列拼接。每個步驟經過優化設計和參數調優使得對于 CPU 和內存的利用更為高效,從而有效減少了數據分析的時間。此外,系統提供友好界面,并支持一鍵出分析報告功能。
除了病原體檢測之外,對于不同來源病原體的序列和結構分析有助于實現病原體的朔源和對應藥物分析。進化分析以及基于深度學習的人工智能算法能夠加速并且精準實現預期目的。
系統采用云(yun)架構(gou),支(zhi)持線上和用戶(hu)本(ben)地部署。配合阿(a)里云(yun)專有(you)云(yun)的(de)(de) Iaas 和 Paas 系統,快速(su)搭建大數據平臺(tai)。該平臺(tai)采用分(fen)布式(shi)存儲和分(fen)布式(shi)計算系統,有(you)效解決(jue)基因測(ce)序數據量大,分(fen)析(xi)計算需要分(fen)布式(shi)或(huo)并行方式(shi)的(de)(de)特點。基于該大數據平臺(tai),分(fen)析(xi)速(su)度(du)能(neng)有(you)效提升 4~10 倍,人工智能(neng)分(fen)析(xi)處理速(su)度(du)也大幅(fu)提升。
全基因(yin)組測序技術在全國進行應(ying)用(yong)實(shi)踐(jian)。阿里達(da)摩院在浙江省疾控中心和(he)武漢金銀潭(tan)醫院做試點應(ying)用(yong),效果(guo)不錯,整體準確率非常高。
在我們的(de)實際應用(yong)中,該(gai)項技(ji)術(shu)(shu)整合了生物制藥企業、人工(gong)智(zhi)能企業、醫療機構、高校等各方技(ji)術(shu)(shu)力(li)量,從試(shi)劑研發、數據分析、流程(cheng)設(she)計(ji)等多角度全方位的(de)設(she)計(ji)來改進(jin)和完善技(ji)術(shu)(shu)。
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